The Biomedical Center‘s next weekly seminar will be on Thursday 26th September.
The seminar will take place in Room 343 in Læknagarður at 12:25-13:10.
Hans Guttormur Þormar, CEO BioCule, will discuss: “Quality analysis of complex nucleic acid samples with Two-Dimensional Strandness-Dependent Elelctrophoresis (2D-SDE)“
(sjá nánar; http://biocule.com/dsdna_ssdna.pdf)
Abstract: The importance of complex nucleic acid samples is constantly increasing in modern genetics. Examples are genomic DNA isolated from difficult sources, cDNA preparations, complex PCR, samples prepared for ChIP- and NGS sequencing. Those samples are treated according to various protocols before they are analyzed. No good methods exist to analyze quality, type, composition and size distribution of nucleic acids in such samples on different time points in the process. We have developed Two-Dimensional Strandness-Dependent Electrophoresis (2D-SDE) to analyze such samples. Using 2D-SDE, we can separate between single-stranded DNA, double-stranded DNA, RNA*DNA hybrids, crosslinked DNA and other types of DNA lesions. Our results indicate that some of those samples contain highly damaged nucleic acids that will interfere with analysis and reproducibility of experiments.
The schedule for upcoming seminars can be seen on the BMC webpage (http://lifvisindi.hi.is/seminars)
----
Málstofa Lífvísindaseturs verður haldin næsta fimmtudag 26. september.
Málstofan verður haldinn í herbergi 343 í Læknagarði kl. 12:25-13:10.
Hans Guttormur Þormar, CEO BioCule, mun tala um „Gæðagreining á flóknum kjarnsýrusýnum með tvívíðum þáttháðum rafdrætti“.
(sjá nánar; http://biocule.com/dsdna_ssdna.pdf)
Afstrakt: Í nútíma erfðavísindum er sífellt meir unnið með flókin kjarnsýrusýni. Dæmi um slík sýni eru erfðaefnissýni einangruð úr erfiðum efnivið, cDNA sýni, flókin PCR, sýni fyrir ChIP-seq og sýni sem verið er að búa undir raðgreiningu. Þessi sýni eru meðhöndluð og keyrð í gengum margskonar flókin vinnsluferli áður en að greiningu kemur. Skort hefur á aðferðir til að greina betur gæði, gerð, samsetningu og stærðardreifingu kjarnsýrusameinda í slíkum sýnum á mismunandi tíma í vinnsluferlum. Við höfum þróað tvívíðan þáttháðan rafdrátt til að greina slík sýni. Með honum er hægt að aðskilja einþátta DNA, tvíþátta DNA, RNA*DNA blendinga, krosstengt DNA og aðrar skemmdar DNA sameindir. Niðurstöður okkar benda til þess að mörg þessara sýna innihaldi mikið skemmdar kjarnsýrur sem muni trufla greiningu og endurtakanleika viðkomandi tilraunar.
Næstu málstofur má sjá á heimasíðu Lífvísindaseturs (http://lifvisindi.hi.is/seminars)